蛋白質立体構造データバンク（PDBj）のトップページの PDB ID サーチに ID 入力（PDB ID は 4 桁の英数字の組み合わせ）
PDB ID サーチの結果、以下のような画面になる
[Download PDB format file] をクリックして座標データ（ascii text）を入手
蛋白質座標ファイル（PDB file）はProtein Data Bank（PDB）という世界的な蛋白質三次元構造データバンクに登録されています。ここではPDB fileの入手方法について解説します。蛋白質の構造には個々にPDB IDが振られています。新規に決定された蛋白質構造を論文発表する際は予めPDBに登録しPDB IDをもらっておくことが必須であるため、蛋白質三次元構造（新規決定）の論文には必ずPDB IDが書かれています。予め目的蛋白質の構造決定の論文が解っている場合はPDB IDを調べてから検索をかけると便利です。PDB IDが解っていなくても蛋白質名などのキーワードでの検索も可能なので、以下でその方法を説明します。
○ PDB ID が解っている場合（PDBjでの PDB ID 検索）
蛋白質立体構造データバンク（PDBj）のトップページの PDB ID サーチに ID 入力（PDB ID は 4 桁の英数字の組み合わせ）
PDB ID サーチの結果、以下のような画面になる
[Download PDB format file] をクリックして座標データ（ascii text）を入手
○ PDB ID が解らない場合 その１（PDBjでのキーワード検索）
蛋白質立体構造データバンク（PDBj）のトップページの keyword サーチにキーワード入力（例えば蛋白質名または構造決定者名）
キーワードサーチの結果、以下のような画面になる
[Download PDB format file] をクリックして座標データ（ascii text）を入手
○ PDB ID が解らない場合 その２（PubMedでのキーワード検索）
生体分子総合検索サイト（PubMed）のトップページで、サーチ項目：structureを選択し、 keyword サーチ欄にキーワード入力（例えば蛋白質名または構造決定者名）
キーワードサーチの結果、以下のような画面になる
蛋白質構造のリスト中から該当する構造を選択すると、以下のような画面になる
PDB ID をクリックすると、PDB（USAサイト）に移動する
ダウンロードマークまたはテキストデータ表示マークをクリックして座標データ（ascii text）を入手