蛋白質構造計算&グラフィクス講習会ページ

薬物作用機構画像教育支援システムとして導入されたソフトウェア Discovery Studio 2.0 では、生体高分子の高画質な三次元グラフィクス画像の作製や、各種構造計算(蛋白質構造最適化、molecular dynamics、蛋白質・薬剤複合体構造解析、ホモロジーモデリング等)が行えます。このページでは上記ソフトウェア Discovery Studio 2.0 の使い方を概説します。

● 基本操作のマニュアルはこちら(学内のみ公開)

● デモライセンスインストール方法はこちら(学内のみ公開)

● 正規製品版への移行法(ライセンスサーバ接続設定法)はこちら(学内のみ公開)

● 蛋白質のリボン図表示がおかしくなる場合の対処法はこちら

三次元グラフィクス表示例

座標入手サイト座標入手法(詳解)

機能限定のフリー版 Discovery Studio(グラフィクス機能のみ)の紹介


グラフィクス表示例(RNA-蛋白質(PIWI)複合体)高解像度図

グラフィクス表示例


上記のようなグラフィクスを作製するためには蛋白質の座標ファイル(PDB file)が必要です。

蛋白質座標データ例1(RNA-蛋白質(PIWI)複合体):2bgg.pdb

蛋白質立体構造データ(PDBファイル)の中身の説明


蛋白質座標データ例2(RNA依存的RNAポリメラーゼ):2j7n.pdb


蛋白質座標データの具体的な入手法についてはこちらのページを参照して下さい。ここでは座標ファイルを入手する際に利用できるサイトを列挙しておきます。


生体分子立体構造データベース
日本サイト:Protein Data Bank Japan USAサイト:The RCSB Protein Data Bank 核酸立体構造データベース:NDB HTTP Server

生体分子総合検索サイト(医学生物学系論文・蛋白質立体構造・遺伝子配列)
Entrez-PubMed

機能限定のフリー版 Discovery Studio(グラフィクス機能のみ)無料版ダウンロードサイト

さらにもっとシンプルなほうが好みの方は以下の旧バージョン(サポート終了版)もお奨めです(うまくダウンロードできない場合、リンクターゲットに名前を付けて保存して下さい)

Windows版 (98, 2000 & XP?)  Mac OS 9版